Blue Submarine No. 6

En un futur pròxim, els oceans han crescut, causant que tota la terra a nivell de mar sigui submergida. Amb l'expansió dels oceans, la humanitat ha trobat un nou enemic en Zorndyke. Una guerra ha començat entre els habitants de la superfície i els habitants de l'oceà, i la humanitat està posant totes les seves esperances en una nova nau anomenada Blue Submarine No. 6 i la seva tripulació.

Mayumi Kino és un jove i devota pilot. La seva missió més recent és fer reenrolar-se a en Tetsu Hayami a la Blue Flet. Tot i així, ell ho rebutja i la fa enfadar, així que marxa. Després, es tornen a trobar en circumstàncies més peliagudes i comencen a treballar junts. Fins i tot en mig de la lluita es veu clar que no comparteixen els mateixos punts de vista.